В целом, программа второго высшего образования не отличается от базовой, по которой занимаются все остальные студенты вуза. Основная разница в том, что она сжата по времени, поскольку за плечами учащихся уже есть обучение в вузе. Часть общих дисциплин не преподается. Именно поэтому второе высшее стоимость обучения короче первого.
Существуют два варианта организации учебного процесса. В первом случае вуз набирает отдельные группы, где студенты учатся по единой программе второго высшего образования. Во втором случае абитуриенты, уже имеющие диплом вуза, зачисляются в группы по специальностям вместе с выпускниками школ. Для них составляется индивидуальный учебный план, а ранее пройденные дисциплины перезачитываются, так что срок обучения сокращается.
Обязательная составляющая программы — факультативные дисциплины, практические занятия, мастер-классы и семинары. Как показывает практика, у студентов этой ступени всевозможные дополнительные курсы более популярны, чем у тех, кто учится в вузе впервые. Формы отчетности такие же, как и на первом высшем: зачеты, экзамены, курсовые и дипломная работы.